يتلقى السيد كُريم رسالة من نابليون بأنه في طريقه إلى مدينة الإسكندرية. ويأمر نابليون بالتعامل مع المصريين بتسامح وحسن العلاقات بينهم. يتوجه محمود ويودع زوجته وأهلها لسفره، ويطلب الشيخ مصطفى الزواج من رقية.

يحاول علي مساعدة فتاة أرمينية يحبها فيستاء والده ويطلب منه البعد عنها. ويتمكن نابليون من الوصول إلى الإسكندرية هو ورجاله، فيبعث كريم بك إلى السيد مراد بمصر يطلب منه المساعدة بالجنود فيجتمع مراد بك برجاله ويطلب منهم أن يتحدوا والتصدي للفرنسيين.

يستلم السيد كريم رسالة من القائد نابليون يحاول فيها أن يطمئن أهالي الإسكندرية وأنه قد أتى ليخلصهم من حكم المماليك ويقابل السيد كريم ويحاول الاتفاق معه على ذلك ثم يولي كليبر حاكم على الإسكندرية ومينو على مدينة رشيد قبل أن يقابل مراد بك في دمنهور.

يستاء سعد الله من الأوضاع وينصحه علي بالعودة إلى بلاد الشام ويقرر الأرمني أرشان أن يودع الحاج منصور والانصراف هو ابنته لوسي. وتحاول نفيسة مساعدة مراد بك ويحاول السيد مكرم إقناعها أن تجمع الضرائب من الأغنياء وليس الفقراء.

يتمكن الفرنسيون من الفوز في أول معركة بينهم مع المصريين. ويصاب علي بطلق ناري بقدمه ويتولى والده الحاج عبدالرحمن علاجه، ويرحل حسن مع زوجته ورد برفقة والده عبد الرحمن والدته وشقيقته إلا أن قطاع الطرق يهجمون عليهم ويسرقون ابنهم سليم.

يخرج عبدالرحمن برفقة منصور للبحث عن حفيده سليم بعد أن أسره العربان، ويتمكن حسن من إعادة ابنه بمساعدة نفيسة، ويقابل الشيخ الشرقاوي - الجنرال ديبوي برفقة كبار الدولة ويطلب فك أسرى المماليك، وأن يختاروا مندوب من بينهم وبالفعل يختاروا السيد فرط الرمان.

يتوجه علي إلى فتح محل والده الحاج عبدالرحمن. ويطلب الجنرال ديبوي من الشيخ الشرقاوي أن يجمع له الضرائب من الأهالي ويطلب مبلغ كبير من السيدة نفيسية البيضا ويكتشف نابليون من خلال رسالة بعثها له شقيقه أن زوجته جوزيفين تخونه.

ينجح إبراهيم بك في التغلب على جيوش نابليون بالصالحية ويسترد سعدلله الشامي صحته ويساعده علي في إعادة تجارته مرة أخرى. في حين ترسل السيدة نفيسة البيضا رسالة إلى زوجها مراد بك تخبره فيها بتحرك الفرنسيون تجاهه.

يتفق نابليون مع أعوانه على غزو سوريا بعد السيطرة على مصر ويتمكن دينون من مساعدة رقية بعد وفاة والدها ويعدها بتوصيلها إلى مصر عند شقيقها محمود. ويطلب أحد الجنرالات من علي أن يعمل عنده برفقة زميله البنا ويمهلهم مهلة للتفكير في الأمر.

يودع دينون رقية فيستقبلها الحاج عبدالرحمن وزوجته أم حسن وتخبرهما بوفاة أهلها ويتودد علي إلى إحدى الفرنسيات ويلقي ديبوي القبض على السيد كريم الذي أتى للقاء بونابرت بتهمة تحريض الشعب ضد الفرنسيون ويجتمع شيح الأزهر والشيح بكير لطلب العفو عن السيد كريم.

يلجأ علي وأمه للسيدة نفيسة حتى تساعدهما في البحث عن أولاد رقية وتبعث لمراد بك برسالة لإعادة الطفلان، ويطلب بونابرت من ديجنيت مساعدة المصريين واستدعاء أطباء من فرنسا لعلاجهم. وداخل السجن يعترف السيد كريم تحريض الأهالي ويتم الحكم علىه بالإعدام.

يُعدم السيد كريم رميًا بالرصاص وتعثر السيدة نفيسة على أبناء رقية. ويستاء شيوخ الأزهر من الضرائب التي يفرضها الفرنسيون على الأهالي ويتظاهرون ضدهم. وتستقبل نفيسة - نابليون الذي يقدم لها نسخة الطبيب ديجينت عن الطاعون وتشكره نفيسة لما قدمه لأهالي مصر.

يحدث علي صديقه البنا عن مشاعره تجاه رقية. ويقرر نابليون إعدام من يقوم بإرسال أي رسائل أو يصلها إلى أي شخص بعد أن قرر إعدام الوزير الذي أتى بالرسالة إلى الشرقاوي.ويطلب الحاكم العسكري ديبوي مقابلة نفيسة ويتهمها بمساعدة مراد بك ويحبسها ثم يتركها.

يحتفل نابليون مع أصدقائه لفوزهم ويحاول الاحتفال مع أهالي المحروسة والأهالي يتمكنوا من الثورة ضده وينجحوا في قتل القائد ديبوي مما يغضب نابليون ويقرر الانتقام منهم بعد أن نهبوا منزل كارفيللي ويقع الكثير من القتلى والجرحى في صفوف المصريين.

تحدث مشاجرة بين الأهالي والشيخ الشرقاوي عند محاولته الحديث معهم وإعادتهم عما أقدموا عليه. ثم يتوجه بصحبة الشيوخ إلى نابليون محاولين إقناعه بوقف إطلاق النار أما نابليون فيقطع الهدنة ويطلق النيران ويعلن الحرب على البر كله ويدخل جنوده الأزهر بالخيول.

يختبئ علي داخل الكنيسة من براثن فرط الرمان ويقرر نابليون الخروج من الأزهر، ويتم اﻹفراج عن باقي الشيوخ كما توسل له الشيخ الشرقاوي مقابل تعهد الشيوخ عدم الثورة مجددا ومينو مستاء من استمرار نابليون لاحتلال مصر بالرغم من مؤشرات تؤكد انشقاق في الجيش.

يعود علي إلى منزله ويبدأ نابليون الاستعداد للقاء جيش الجزار بعكة قبل أن يتحد الأتراك والانجليز ضد فرنسا ويبدا الفرنسيون في التفكير لشق قناة بين البحرين الأحمر والمتوسط لتربط التجارة بين الهند وفرنسا ويقرر علي الزواج من رقية التي تبدي موافقتها.

عبدالرحمن يحدد ميعاد لزفاف على ورقية، وزينب تأمل في عودة محمود وخروج نابليون من مصر، وزوجة فورييه تطلب الطلاق بعدما انفضح أمر خيانتها له مع نابليون، وحسن يرفض عمل على في ورش الفرنسين.

تحاول رقية إقناع علي بأن يعتذر لشقيقه حسن ويتوجه نابليون لعكا وهناك يعد لهما الجزار العدة ويستعد بجيش لا نهاية له ويطلب مراد بك من البدو أن يلقوا القبض على يعقوب حتى يتمكن من مد الوصال بينه وبين نابليون، ويقتل ابن رقية أثناء محاولته سرقة الفرنسيين.

ينجح الفرنسيين في الفوز على القائد الجزار بعكا، وتقرر رقية تأجيل العرس. وعلى الجهة الأخرى يصاب الفرنسيون المسئولون عن حفر قناة تربط بين البحرين الأحمر والمتوسط بالإحباط خاصة بعد أن وجدوا هناك ارتفاع بين البحرين، ويطلب نابليون مقابلة مكرم بك.

يتشاجر حسن مع زوجته ورد بعد عودتها من النادي الفرنسي ويتشاجر مع والدها منصور ويرفض علي مشاورة والده عبدالرحمن بأن يشتري حسن منزل أخر وينتقل مع زوجته إليه ويبعد عن بيت حماه في حين يرفض السيد مكرم التعاون مع نابليون ضد الجزار الذي يعد العدة له.

يعتدي حسن على زوجته ورد وتتوفى متأثرة بجراحها، في حين يحاول محمود بعد عودته تهدئة الوضع ويخبر حماه وعلي شقيق زوجته بأن قائد الجزار متوعد لنابليون وجنوده الذي يخسر أمام الجزار ويقتل أهم جنرالاته في الحرب ومن بينهم كارفيللي.

تشيع جنازة ورد ويقدم الحاج منصور بلاغ ضد حسن ولكنه يتنازل عن البلاغ كرامة للسيدة نفيسة ثم يصل مراد بك إلى الجيزة لملاقاة جيش نابليون بعد هزيمته في عكا.

نفيسة ترحب بعودة عمر مكرم، وتقلق على المماليك حال انتصار الأتراك على المماليك، والشيخ الصاوي يتهم فرط الرمان بالتجسس على التجار، ونابليون ينفي لشيوخ مصر نية رحيل الفرنسين وعدم توقيع ظأي اتفاق مع الأتراك والإنجليز بالرحيل.

يأتي دينون ليودع رقية ويخبرها بموت ابنها فيصابها الجنون ويبحث عنها الجميع بعد خروجها من المنزل ويحاول الفرنسيون تنفيذ حفر قناة السويس ويطلب نابليون من كليبر أن يتولى الحكم في مصر من بعده فيستاء كليبير من كذب نابليون وادعائه بحالة الجيش الجيدة.

علي يبحث عن رقية والشيخ منصور يقول أنه رأها في الصحراء ولكن محمود لا يجدها، ويفكر نابليون في الرحيل خوفا من الأتراك والمصريين، وعلي ومحمود يجدا رقية في الصحراء، ويبدأ الأتراك في تسلم الحكم إيذانا بخروج الفرنسيين.

تنصح لي لي صديقتها أمينة بأن تترك القاهرة هي وزوجها الفرنسي بعد إصابته، وتترك رقية خطابًا لمحمود بأنها خرجت لتبحث عن ابنها الباقي بعد قتل الابن الأول، وتتمكن من الوصول لابنها محمود وتصطحبه إلى المنزل، فتطلب خديجة من ابنها علي أن يعجل بزواجه من رقية.

يحاول المصريون تجميع شتاتهم مرة أخرى؛ خاصة بعد التحام الأتراك معهم لمحاربة الفرنسيين بقيادة كليبر، ويساعد علي في ذلك؛ حيث يتبرع بجميع الأسلحة للأهالي، إلا أن قوة الفرنسيين أشد، ويلتقي جيش كليبر مع جيش مراد بك بالجيزة، ويتمكن الفرنسيون من رد الهوجة.

لا يزال كليبر وجيشه يقتلون المصريين، ويبعث مراد بك برسالة له يطلب الهدنة والسلام، فيقبلها كليبر، وإذا بالأتراك يقررون الرحيل، إلا أن المصريين يرفضون ويهاجمونهم؛ وتستاء نفيسة من رد فعل مراد تجاهها وتجاه العزل، ويعرض كليبر علي مراد بك أن يحكم الصعيد.

كليبر يدعي أن الإنجليز من عطل خروجهم من مصر وقد دفع الأتراك الثمن، ويتبادل المصريين والفرنسيين إطلاق النار، ويباد حي بولاق ويحاول علي والرجال إسعاف المصابين، ويتعهد سميث للصدر الأعظم بتأمين خروج الفرنسيين من مصر بسلام.